会社員エンジニアの副業確定申告ガイド｜20万円ルールの落とし穴から経費・住民税まで

会社員をしながらフリーランス案件を受け始めた。報酬が振り込まれて「副業って意外と稼げるな」と思った矢先に気づく。

「確定申告、どうすればいいんだ？」

会社員なら年末調整で済んでいた税金の手続きが、副業を始めた途端に自分ごとになります。しかも、ネットで調べると「20万円以下なら申告不要」という情報が出てくる。でも、これには大きな落とし穴があります。

この記事では、会社員をしながらフリーランス案件を受けているエンジニア向けに、確定申告の実務を解説します。完全に独立したフリーランスの確定申告については確定申告ガイドで解説していますので、あわせてご覧ください。

「20万円ルール」の本当の意味

所得20万円以下なら確定申告は不要...だが

副業の所得（収入 − 経費）が年間20万円以下の場合、所得税の確定申告は不要です。これが「20万円ルール」です。

ここで言う「所得」は収入ではなく、経費を引いた後の金額です。

例	副業収入	経費	所得	確定申告
A	30万円	15万円	15万円	不要
B	25万円	3万円	22万円	必要
C	100万円	85万円	15万円	不要

出典: freee「副業所得20万円以下でも確定申告と住民税の申告は必要？」

落とし穴：住民税の申告は必要

これが最も多い誤解です。

「20万円以下なら申告不要」は所得税に限った話です。住民税にはこのルールが適用されません。

つまり、副業所得が1万円でも、住民税の申告は必要です。

出典: 税金・社会保障教育「住民税の申告とは？副業収入20万以下で申告しないとどうなる？」

住民税の申告をしないとどうなるか:

追徴課税：申告漏れとして延滞税が加算される可能性
国民健康保険料の算定エラー：正しい所得が把握されず、保険料が適切に計算されない可能性（完全独立した場合）
各種行政サービスへの影響：所得証明書が正しく発行されない

住民税の申告方法

副業所得が20万円以下で確定申告をしない場合は、お住まいの市区町村の役所に「住民税の申告書」を提出します。

なお、確定申告をすれば住民税の申告は不要です（確定申告の情報が自動的に自治体に連携されるため）。副業所得が20万円を超えている場合は確定申告をするので、住民税の別途申告は不要になります。

実務のコツ

副業エンジニアの場合、月単価10万円以上なら年間所得は確実に20万円を超えます。素直に確定申告をした方が、住民税の別途申告の手間も省けてシンプルです。さらに、源泉徴収で払いすぎた税金が還付される可能性もあります。

事業所得 vs 雑所得：どちらで申告するか

副業の確定申告で最初に迷うのが、「事業所得」と「雑所得」のどちらで申告するかです。

判断基準

2022年10月の国税庁通達（修正版）により、以下の基準で判断されます。

事業所得として認められる条件:

その活動が社会通念上「事業」と言える程度で行われている
帳簿書類を作成・保存している

雑所得になるケース:

帳簿書類の保存がない
収入が少額で、事業と言えるほどの規模・継続性がない

出典: 弥生「副業300万超は帳簿があれば事業所得になる？」

エンジニアの副業はどっち？

フリーランスエージェント経由で月単価50〜80万円の案件を受けている場合、事業所得として認められる可能性が高いです。

ポイントは:

継続性がある（単発のお手伝いではなく、契約期間がある）
反復性がある（毎月報酬が発生する）
帳簿を付けている（freeeやマネーフォワードで記帳している）

ただし、週末に数時間だけ作業して年間数十万円程度の場合は、雑所得と判断される可能性もあります。判断に迷う場合は税理士に相談してください。

事業所得のメリット

事業所得で申告するメリットは大きいです。

メリット	内容
青色申告特別控除	最大65万円を所得から控除できる（e-Tax + 複式簿記の場合）
赤字の繰り越し	赤字を3年間繰り越して翌年以降の所得と相殺できる
少額減価償却	30万円未満の資産を一括で経費にできる

特に青色申告特別控除65万円は節税効果が大きく、所得税率20%の人なら約13万円の節税になります。

出典: 千代田税理士法人「副業300万円問題とは？」

事業所得で申告するために必要なこと

開業届を税務署に提出する（開業後1ヶ月以内）
青色申告承認申請書を提出する（開業後2ヶ月以内、または1月15日まで）
帳簿を付ける（freee、マネーフォワード、弥生会計などのクラウド会計ソフトがおすすめ）
領収書・請求書を保存する（電子データでもOK）

注意

開業届を出すと「個人事業主」になりますが、会社員を辞める必要はありません。開業届は「事業を始めました」という届出であり、会社の退職とは無関係です。ただし、会社の就業規則に「開業届の提出禁止」がある場合は注意が必要です。

副業エンジニアの経費になるもの

経費の基本ルール

経費として認められるのは、副業の業務に直接関係する支出です。プライベートと業務の両方で使っているものは、家事按分（使用割合に応じて経費を按分する）で計上します。

出典: freee「副業の経費はどこまで計上できる？」

経費になるもの一覧

勘定科目	具体例	按分の目安
消耗品費	キーボード、マウス、モニター（10万円未満）	業務使用割合
減価償却費	PC（10万円以上）、タブレット	業務使用割合
通信費	インターネット回線、スマホ代	業務使用時間の割合（例: 1日3時間業務使用 / 8時間使用 = 37.5%）
家賃（地代家賃）	自宅の一部を作業場として使用	作業部屋の面積割合（例: 6畳 / 全体40畳 = 15%）
水道光熱費	電気代	業務使用時間の割合
書籍代（新聞図書費）	技術書、Udemy等のオンライン講座	業務関連のもの100%
サブスクリプション	GitHub、Figma、AWS、Vercel等	業務使用のもの100%
交通費（旅費交通費）	クライアント先への出社交通費	業務目的100%
会議費	クライアントとのカフェ打ち合わせ	業務目的100%

出典: 税理士法人植村会計事務所「副業ITエンジニアの経費まとめ」

PCの経費計上

エンジニアにとってPCは最大の経費です。

10万円未満：消耗品費として一括経費
10万円以上20万円未満：一括償却資産として3年で均等償却（青色申告なら30万円未満まで一括経費OK）
20万円以上：固定資産として耐用年数（PC: 4年）で減価償却

副業で使うPCをプライベートでも使っている場合は、業務使用割合で按分します。例えば、1日の使用時間8時間のうち業務が3時間なら、按分率は37.5%。30万円のPCなら、初年度に30万円 × 37.5% = 112,500円を経費にできます（青色申告の少額減価償却特例を使う場合）。

注意

按分率は「合理的に説明できる」根拠が必要です。「なんとなく50%」ではなく、業務ログや利用時間の記録を残しておきましょう。税務調査で説明を求められたときに、根拠を示せることが重要です。

会社にバレないための住民税対策

なぜ副業が会社にバレるのか

副業が会社にバレる最大の原因は住民税です。

仕組みはこうです:

確定申告をすると、副業分の所得が自治体に連携される
自治体は「本業 + 副業」の合計所得で住民税を計算する
計算された住民税が本業の会社に通知される（特別徴収）
会社の給与担当が「この人の住民税、給料に対して高くない？」と気づく

出典: せら税理士事務所「副業バレの本当の理由」

対策：住民税を「普通徴収」にする

確定申告書の第二表に「住民税の徴収方法」を選択する欄があります。ここで**「自分で納付（普通徴収）」**を選択します。

これにより、副業分の住民税は自宅に届く納付書で自分で支払うことになり、会社には本業分の住民税のみが通知されます。

普通徴収の注意点

すべての自治体が対応しているわけではない：一部の自治体では、普通徴収を選択しても特別徴収（給与天引き）に統合されるケースがあります。お住まいの自治体に事前に確認してください
確定申告書の記入ミスに注意：「自分で納付」にチェックを入れ忘れると、自動的に特別徴収になります
副業が「給与所得」の場合は対策が難しい：フリーランス案件（事業所得・雑所得）の場合は普通徴収を選択できますが、アルバイトなどの給与所得は原則として特別徴収に合算されます

参考

会社に副業を申告済みの場合は、住民税の対策は不要です。むしろ、堂々とやる方が精神的にも楽です。副業フリーランスの始め方でも解説していますが、可能であれば会社に報告した上で始めることをおすすめします。

確定申告の具体的な流れ

年間スケジュール

時期	やること
1月〜12月	収入と経費を記帳する（クラウド会計ソフトで自動化推奨）
12月	本業の年末調整を受ける（副業分は含めない）
1月	エージェントや取引先から支払調書が届く（届かない場合もある）
2月16日〜3月15日	確定申告書を作成し、e-Taxまたは税務署に提出
3月〜4月	還付がある場合、1〜2ヶ月で指定口座に振り込まれる
6月	住民税の通知が届く（普通徴収を選択した場合は自宅に届く）

必要な書類

源泉徴収票（本業の会社からもらう）
支払調書（エージェントや取引先から届く。届かない場合は自分で集計）
経費の領収書・レシート（電子データ可）
クラウド会計ソフトの集計データ
マイナンバーカード（e-Taxで提出する場合）

源泉徴収されている場合の還付

フリーランスエージェント経由の案件では、報酬から源泉徴収税（10.21%）が天引きされていることがあります。

例えば、月単価70万円の場合:

項目	金額
報酬（税抜）	700,000円
消費税（10%）	70,000円
源泉徴収税（10.21%）	-71,470円
振込額	698,530円

この源泉徴収税は仮払いです。確定申告で正確な税額を計算した結果、払いすぎていた分が還付されます。

特に副業の場合、本業の給与所得控除や各種控除が先に適用されているため、副業分の実効税率が源泉徴収税率（10.21%）より低くなるケースが多いです。確定申告をすることで数万円〜数十万円が還付される可能性があります。

実務のコツ

「面倒だから確定申告したくない」と思うかもしれませんが、源泉徴収されている場合は確定申告をした方がお金が返ってくる可能性が高いです。むしろ申告しないと損です。

よくある質問

Q. 開業届を出すと失業保険がもらえなくなる？

はい、原則として開業届を出していると、退職時に失業保険（雇用保険の基本手当）を受給できません。失業保険は「就職する意思と能力があるが、就職先が見つからない状態」の人に支給されるもので、開業届を出している＝自営業をしている、と判断されるためです。

ただし、副業程度の規模で本業の退職後に廃業届を出せば受給できるケースもあります。詳しくはハローワークに確認してください。

Q. 副業の赤字を本業の給与所得と相殺できる？

事業所得の場合は可能です（損益通算）。副業の赤字を本業の給与所得から差し引くことで、所得税の還付を受けられます。

ただし、雑所得の場合は損益通算できません。これが事業所得と雑所得の大きな違いの1つです。

なお、意図的に赤字を作って給与所得と相殺する行為は、税務署から否認されるリスクがあります。経費は実態に基づいて計上してください。

Q. 本業の年末調整で副業のことを申告する必要はある？

不要です。年末調整は本業の給与所得に対する手続きです。副業分は確定申告で別途申告します。年末調整の際に副業収入を会社に報告する必要はありません。

Q. インボイス制度は副業に影響する？

取引先（エージェントやクライアント）から「インボイスを発行してほしい」と求められるケースが増えています。インボイスを発行するには適格請求書発行事業者に登録する必要があり、登録すると消費税の課税事業者になります。

副業で年間売上1,000万円以下の場合、本来は消費税の免税事業者ですが、インボイス登録すると消費税の申告・納税義務が発生します。手取りが減る可能性があるため、取引先の要望と税負担を天秤にかけて判断してください。

副業確定申告チェックリスト

年間を通じて

クラウド会計ソフトを導入して記帳を始めた
経費の領収書・レシートを保存している（紙 or 電子）
副業の収入と経費を月1回は記帳している

確定申告の前（1月〜2月）

本業の源泉徴収票を受け取った
副業の年間収入を集計した（支払調書がない場合は請求書・振込明細から）
経費を集計し、按分率を確定した
事業所得 or 雑所得の判断をした

確定申告書の作成

確定申告書の第一表・第二表を作成した
住民税の徴収方法で「自分で納付（普通徴収）」を選択した
源泉徴収税額を正しく記入した（還付がないか確認）
e-Taxまたは郵送で期限内（3月15日）に提出した

まとめ

20万円ルールは所得税の話。住民税の申告は副業所得の金額に関わらず必要
副業エンジニアなら**事業所得（青色申告）**が有利。帳簿を付けて65万円控除を活用しよう
開業届を出しても会社を辞める必要はない
会社バレ対策は住民税の**「普通徴収」**を選択する
源泉徴収されているなら確定申告で還付される可能性が高い
経費の按分は合理的な根拠を記録しておく
迷ったら税理士に相談。特に初年度は相談した方が安心

エージェントへの登録がまだの方はエージェント3社比較を、副業の始め方全般については副業フリーランスの始め方をご覧ください。資金面の計画は資金計画の記事で詳しく解説しています。